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에피게놈 편집으로 체내 유전자를 영구적으로 침묵시키다

에피게놈 편집 기술로 체내에서 질병 유발 유전자를 일시적 개입만으로 영구히 침묵시키는 데 성공해, 유전 질환 치료의 새 가능성을 열었습니다.

2026-03-31·7 min read
저널Nature
발표일2026-03-31

왜 중요한가?

우리 몸의 유전자는 마치 설계도와 같아서, 잘못된 유전자가 활성화되면 다양한 질병이 생깁니다. 그동안 과학자들은 유전자를 직접 '잘라내거나 수정'하는 방법(유전자 편집)으로 이런 문제를 해결하려 했는데요, 이 방법은 DNA를 직접 손상시킬 위험이 있어 안전성 문제가 꾸준히 제기되어 왔습니다. 이번 연구는 DNA를 자르지 않고도 유전자의 '스위치를 끄는' 방식, 즉 후성유전체 편집(epigenome editing, DNA 서열 자체는 바꾸지 않고 유전자 발현만 조절하는 기술)으로 비슷한 효과를 낼 수 있다는 것을 보여주었습니다.

특히 이번 연구에서 주목한 것은 지속성입니다. 유전자 스위치를 한 번 껐을 때 그 효과가 얼마나 오래 유지되는지가 치료제 개발의 핵심 과제였는데, 연구팀은 편집 도구를 몸속에 딱 한 번만 투여해도 거의 1년 가까이 효과가 지속된다는 것을 살아있는 동물(마우스)에서 처음으로 확인했습니다. 이는 '일시적으로 주입한 편집 도구가 사라진 뒤에도 유전자 침묵 효과는 남는다'는 것을 입증한 획기적인 결과입니다.

연구 방법

연구팀은 콜레스테롤 조절과 관련된 유전자인 Pcsk9(간세포에서 발현되며 혈중 콜레스테롤 수치를 높이는 단백질을 만드는 유전자)를 표적으로 삼았습니다. 먼저 세포 실험(in vitro)을 통해 여러 종류의 유전자 편집 도구 설계를 비교하여 가장 효율적인 플랫폼으로 **징크핑거 단백질(zinc-finger protein, DNA의 특정 서열을 인식하여 결합하는 단백질 도구)**을 선정했습니다. 이후 이 편집 도구의 설계 정보를 담은 mRNA를 **지질나노입자(lipid nanoparticle, 지방 성분으로 만들어진 아주 작은 캡슐로 약물을 세포 안으로 전달하는 운반체)**에 담아 마우스에 단 한 차례 주사했습니다. 또한 간을 인위적으로 재생시키는 실험을 통해 세포가 분열하고 새로 생겨나도 유전자 침묵 효과가 유지되는지 확인했습니다. 마지막으로 다양한 설계를 개선하여 **EvoETR(evolved engineered transcriptional repressor, 진화적 최적화를 거친 전사 억제 단백질)**이라는 통합형 편집 도구를 개발했습니다.

핵심 발견

💡 이 연구의 가장 중요한 발견: DNA를 자르지 않고 유전자 스위치를 끄는 방식만으로도, 기존 유전자 편집 기술과 맞먹는 수준으로 PCSK9 단백질 혈중 농도를 낮출 수 있었으며, 그 효과가 거의 1년 동안 지속되었습니다.

  • 단 1회 투여로 장기 효과: 지질나노입자에 담긴 mRNA를 한 번만 주사했을 때, 혈중 PCSK9 단백질 수치가 약 절반 수준으로 감소하고 이 효과가 약 1년간 유지되었습니다.
  • DNA 손상 없음: 기존 크리스퍼(CRISPR) 등 유전자 편집 기술과 달리 DNA 이중가닥을 절단하지 않아 돌연변이 발생 위험이 훨씬 낮습니다.
  • 간 재생 후에도 효과 지속: 인위적으로 간세포를 재생시킨 후에도 유전자 침묵 효과와 후성유전체 억제 표지(repressive mark, 유전자 발현을 억제하는 화학적 표시)가 그대로 유지되어 세포 분열을 통해 다음 세포로 전달됨을 확인했습니다.
  • 높은 특이성: 새롭게 개발된 EvoETR은 표적 유전자 외 다른 유전자에는 거의 영향을 미치지 않는 높은 특이성(specificity)을 보였습니다.
  • 징크핑거 단백질의 우수성: 여러 DNA 결합 플랫폼 중 징크핑거 단백질이 마우스 Pcsk9 침묵에 가장 효율적인 도구임이 확인되었습니다.

우리 삶에 미치는 영향

이 연구는 고콜레스테롤혈증(혈중 콜레스테롤이 지나치게 높은 상태)처럼 특정 유전자의 과활성이 원인인 질환을 안전하고 오래 지속되는 방식으로 치료하는 새로운 길을 열어줍니다. 특히 현재 평생 복용해야 하는 콜레스테롤 낮추는 약(스타틴 등)을 대체하거나 보완할 수 있는 '한 번 맞으면 오래 가는 주사 치료제' 개발로 이어질 가능성이 있습니다. 앞으로 이 기술이 더 발전하면 콜레스테롤 질환뿐 아니라 다양한 유전성 질환이나 만성 질환에도 적용될 수 있어, 더 많은 환자들이 안전하고 효과적인 치료 혜택을 누릴 수 있을 것으로 기대됩니다.

📄 원문: Martino Alfredo Cappelluti, Valeria Mollica Poeta, Sara Valsoni et al., "Durable and efficient gene silencing in vivo by hit-and-run epigenome editing", Nature, 2024-2-28. DOI: 10.1038/s41586-024-07087-8

유전자 스위치를 한 번만 꺼도 1년을 간다고?

왜 이게 중요한가?

우리 몸 안의 유전자들이 마치 집의 전등처럼 켜졌다 꺼졌다 한다고 생각해봐. 그동안 과학자들은 문제가 있는 유전자를 "아예 잘라내거나 고치는" 방법으로 질병을 치료하려 했어. 근데 이 방법은 DNA를 직접 손상시킬 수 있다는 큰 문제가 있었거든.

그래서 이번 연구팀이 다른 방법을 시도했어. DNA를 자르지 않고 유전자의 스위치만 끄는 거야. 마치 전등을 끄는 것처럼 간단하게 말이야. 이런 기술을 '후성유전체 편집'이라고 하는데, 쉽게 말해 유전자 설계도는 그대로 두고 작동만 멈추는 거라고 생각하면 돼.

그런데 여기서 가장 신기한 부분이 뭐냐면? 편집 도구를 한 번만 몸에 주입했는데 효과가 거의 1년을 간다는 거야. 살아있는 쥐 실험에서 처음으로 증명했거든. 즉, 주입한 약은 사라져도 유전자 침묵 효과는 쭉 남아있다는 뜻이야. 진짜 획기적이지 않아?

어떻게 연구했나?

연구팀은 콜레스테롤 수치를 높이는 Pcsk9라는 유전자를 집중 공략했어. 간에서 주로 일하는 유전자거든.

먼저 여러 편집 도구를 시험해봤는데, 징크핑거 단백질이라는 놈이 가장 잘 일했어. 이건 DNA의 특정 부분을 찾아가서 딱 붙는 단백질 도구라고 생각하면 돼. 정찰병이 목표물을 찾아가는 것처럼 말이야.

그 다음에 이 도구의 설계도를 mRNA(유전자 설계도를 전달하는 물질)에 담아서, 지질나노입자라는 기름으로 만든 아주 작은 캡슐에 싸서 쥐에게 주사했어. 배송 박스에 물건을 넣어서 보내는 거랑 같은 원리지.

마지막으로 간을 자극해서 세포들을 새로 만들어내는 실험도 했어. "세포가 분열해서 자식 세포가 생겨도 침묵 효과가 유지돼?"를 확인하려던 거야. 그리고 더 똑똑한 편집 도구인 EvoETR도 개발했어.

뭘 발견했나?

가장 대박인 발견: DNA를 자르지 않고 유전자 스위치만 꺼도 기존 방법(크리스퍼 같은 거)만큼 효과가 좋았어. 그리고 효과가 거의 1년을 유지됐어!

  • 한 번만 맞으면 오래가: 주사를 딱 한 번 맞으니까 PCSK9 단백질이 절반으로 줄어들고, 약 1년 동안 그 상태가 유지됐어.

  • DNA가 멀쩡함: 기존의 유전자 가위(크리스퍼) 같은 기술과 달리 DNA를 자르지 않으니까 DNA가 손상되거나 돌연변이가 생길 걱정이 훨씬 적어.

  • 세포가 늘어나도 먹혀: 간 세포들이 새로 생겨났는데도 유전자 침묵 효과가 그대로 유지됐어. 즉, 새로운 자식 세포들에게도 이 효과가 물려져가는 거야.

  • 정확해: 새로 개발한 EvoETR은 표적 유전자만 골라서 끄고 다른 유전자에는 건드리지 않아.

  • 징크핑거가 최고: 여러 도구를 비교해봤는데 징크핑거 단백질이 가장 잘 일했어.

이게 우리 생활에 뭐가 좋은데?

이제 상상해봐. 지금은 콜레스테롤이 높으면 평생 약을 먹어야 돼. 근데 이 기술이 발전하면 주사 한 번만 맞고 거의 1년을 버티는 치료제가 나올 수 있다는 거야.

이게 단순히 콜레스테롤 약 얘기만은 아니야. 이 방법을 다른 유전 질환이나 만성병에도 쓸 수 있게 되면? 훨씬 더 많은 사람들이 더 안전하고 편한 방식으로 치료받을 수 있게 되는 거지. 평생 약 먹는 대신 가끔씩 주사 한 번만 맞으면 되는 미래가 올 수도 있다는 뜻이야.

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